五年的追逐化为泡影，随着X档案的封闭 ，福克斯·穆德（大卫·杜楚尼David Duchovny饰）和丹娜·斯科莉（吉莲·安德森Gillian Anderson饰）被迫调任处理一些普通的案件。某天，美国得州达拉斯市发生一起爆炸案。虽然穆德和斯科莉极力疏散写字楼内的人群，但爆炸仍然夺走了4名无辜者的生命，他们也因此受到上级的指责。然而事后不久，穆德得知4名遇难者在爆炸之前就已经死亡，所谓的爆炸案只是某个神秘组织为了掩盖证据而进行的欺骗。这个组织据说多年来一直在研究外星人，并且他们的研究可能导致人类的灭亡。两人决定彻查此事，但是神秘且难以抗拒的力量一直在阻止他们揭开真相……本片是同名美剧的第一部剧场版。