即将到来的七夕节，东京、神奈川、静冈、长野等地发生了六起连环杀人案。每个被害者身边都留下了麻将牌中的七筒和一些奇怪的痕迹。由于案件范围广泛，各地警署的侦探纷纷汇聚到东京警署的专案组，共同研究案情。毛利小五郎也受邀加入，而柯南则偷偷听了会议的内容。会议结束后，柯南无意中听到群马县警部山村操哼唱的一个童谣，这引起了他对黑衣组织成员潜伏在警察中的怀疑。在一次围捕行动中，柯南遇到了伪装成人质的Vermouth，从她口中得知最近的一系列杀人案与一张存有组织内部人员资料的记忆卡有关。与此同时，一名间谍潜入警察内部，偷取了工藤新一和柯南的指纹。新一的真实身份即将被揭穿，他和身边的人们面临着巨大的危险。
