明永乐年间，朱棣即位，经过几年的努力治理，全国社稷安定，百姓安居乐业，可谓是难得的太平盛世。在这个时代背景下，平一姑（潘洁饰）带着儿子平常（孙耀威饰）和好友王九（李立群饰）漂泊在京城，以平庸的医术行骗为生。然而，王九的拙劣医术却导致了平常所爱的人丧命，为了弥补过错，王九决定改邪归正，开始学习医术，并得到了捕头的帮助，在京城开设了一家医馆。平常则成为了王九的门徒，并收养了一个日本人竹野幸福（罗志敏饰）作为徒弟。王九与房东盈不敷（黄小燕饰）相处日久生情，但他心中始终无法忘记亡妻芍药（张茜饰）的身影。平常和农草堂（仼泉饰）参加了太医院的考试，双双被录取，然而平常仍然留恋市井生活的自由自在。后来，一姑被段天命（王群饰）威胁，不敢与儿子草堂相认，原来平常竟然是当年被人误抱的医神金农匮（王德顺饰）之子......