柯南和小五郎带着一大队人来到了太平洋中的美丽小岛“神海岛”度假。这座岛屿从古代就流传着一个关于淹没在海底的古代遗迹“海底宫殿”和300年前两名女海盗留下的宝藏的传说。小兰和园子对这些传说毫不畏惧，在潜水探索“海底宫殿”的四周时，意外地遇到了一群正在寻找宝藏的猎人。然而，其中一人突然被鲨鱼袭击，不幸身亡！小兰和园子幸运地逃脱了，柯南看到了那个猎人死亡的诡异情形，决定与灰原一起展开调查。柯南相信猎人的死与宝藏的传说有着密切的关系，他试图解开背后的原因。他一直在脑海中思考着关于“海底宫殿”的谜题。在柯南找到了一个神秘的词组“Jolly Roger（海盗旗）”之后，他觉得事情有所起色。然而，猎人突然出现，并偷走了原本创造的宝藏！小兰和园子落入了猎人的掌控之中，生命岌岌可危！柯南决心逐步解开这个谜题，找到隐藏在传说中的信息是什么？“海底宫殿”究竟隐藏着什么秘密？柯南发誓要穿越300年的时间，一步步解开这个谜题。
