哥斯拉陷入三原山后，日本度过了五年平静的日子。然而，为了以防万一，自卫队计划利用哥斯拉的细胞制造一种名为“抗核细菌”（ANB）的武器，同时将之前与哥斯拉对战时被摧毁的超级武器“Super_X”改造成“SuperX2”。就在此时，哥斯拉再次开始活动，导致日本关东地区地震不断，并且导致白神博士的女儿细胞和玫瑰细胞浑浊的植物死亡。于是，白神博士加入了ANB计划，并将哥斯拉细胞与女儿细胞和玫瑰细胞浑浊的植物结合制造了一种不死植物碧奥兰蒂。然而，在一次事件中，碧奥兰蒂被释放并在芦之湖巨大化。与此同时，三原山爆炸，哥斯拉再次出现，自卫队无法阻止哥斯拉朝东京方向移动。随后，“SuperX2”出动，使得哥斯拉改变了移动方向。然而，在哥斯拉持续的打击下，“SuperX2”也败下阵来。但是没想到此时哥斯拉却朝着碧奥兰蒂所在地移动……