《新世纪福音战士》电影版第1部分被分为了两个篇章，分别是“逝世篇”和“新生篇”。其中，“逝世篇”是根据原动画的前24集内容重新剪辑而成的总结篇。“新生篇”则是从第24集的故事情节开始延续。在“新生篇”中，第十七使徒被成功消灭后，SEELE下令NERV履行“人类补完计划”，要求碇真嗣驾驶初号机参与其中。然而，碇真嗣对SEELE的计划持有异议，并拒绝执行。SEELE将这视为反叛行为，决定彻底消灭NERV。黎明时分，NERV总部突然遭到战略自卫队的袭击，他们对NERV的人员进行了残忍的大屠杀。为了保护驾驶员，葛城美里命令将精神崩溃的明日香送上二号机，并将其沉入湖底的深处。她自己则亲自前往救援碇真嗣。然而，此时的碇真嗣已经接近精神崩溃的边缘。
