传说在地球被一颗陨石撞击后，另一半的星球上的生物们面临着日益恶化的生态环境，生活变得越来越艰难。斯凯普林管道公司在挖掘地下时，意外地打通了两个世界的通道。马里奥和鲁基兄弟本来是管道工，因为他们的朋友戴西被抓走，他们决定一同进入岩层，进入了由恶势力库帕掌控的另一个世界。库帕拥有一台神奇的机器，可以随意改变生物的进化程度，而能够拯救两个世界的关键人物正是被囚禁的戴西，她手中的陨石碎片成为了所有人争夺的目标。兄弟二人发挥出他们的才能，帮助戴西恢复了父亲的力量，稳定了混乱的局势。他们面对着库帕的层层阻挠，勇敢地与他对抗，最终成功地将戴西解救出来，并夺回了陨石碎片。通过他们的努力，两个世界的生物们重新找到了生存的希望，生态环境也逐渐得到了恢复。马里奥和鲁基兄弟成为了英雄，他们的勇敢行动为两个世界带来了和平与繁荣。