怪物王子和恐龙公主的故事在连续。史莱克原本希望和费奥娜在沼泽地过上自由自在的生活，但费奥娜的父亲，变成青蛙的“遥远王国”国王却生病了。为了继承王国，史莱克和费奥娜不得不放弃自由。然而，更糟糕的是，费奥娜怀孕了，史莱克对当爸爸一事毫无准备。为了不继承王国，也为了那个即将出生的小怪物，史莱克带着话痨驴子和穿靴子的猫去找菲奥娜的远方堂弟亚蒂。经过一番劝说，亚蒂终于同意接过王位，于是四人开始了回国的旅程。与此同时，留在国内陪伴父母的费奥娜公主也遇到了麻烦。大反派“魅力王子”带领一众海盗卷土重来，企图篡位。费奥娜组织了一支妇女自救队，公主和母后们齐心协力，展开了搞笑而又正义的战斗。就在关键时刻，史莱克一行人及时赶到，加入了战斗。这场另类的大决战即将开始。