续前一集的剧情，狮子亚历克斯（本·斯蒂勒BenStiller配音）、斑马马蒂（克里斯·洛克ChrisRock配音）、长颈鹿迈尔曼（大卫·休默DavidSchwimmer配音）、河马格洛里亚（贾达·萍克·史密斯JadaPinkettSmith配音）以及企鹅们，为了能离开马达加斯加岛回到繁华的纽约，决定修复一架破旧的失事飞机，并成功起飞。当大家终于庆祝可以回到纽约时，飞机却意外降落在非洲大草原上。在这里，狮子亚历克斯终于见到了自己的亲生父母。然而，由于生活习惯上的差异，使得这群纽约来的动物们感到很难融入。这群昔日纽约中央公园的动物明星们，面临着如何适应这个艰苦的环境的问题。虽然在这里遇见了自己的同类，但因为习惯不同，使得他们无法完全融入新的群体。为了能适应环境，与同类们建立良好的关系，他们都尽力展示各种招式，场面十分搞笑。