夏日的一天，红发女孩玛丽（杉咲花配音）被送到阿姨夏洛特所在的乡间小屋度假。刚到那里，玛丽对周围的一切都感到陌生，尤其是淘气的男孩彼得（神木隆之介配音）总是故意和她作对，让玛丽感到很兴奋。一天，玛丽偶然发现了传说中的魔法之花“夜间飞行”，还找到了一把破旧的扫帚。奇迹般地，这把魔法扫帚带着玛丽飞上了天空，来到了专门培养魔法师的恩德学园。在这个神奇的地方，玛丽受到了曼布勒切克女士（天海佑希配音）的热情接待，还遇到了怪模怪样的D博士（小日向文世配音）。虽然玛丽对自己成为魔法学员一头雾水，但她很快发现了学园中隐藏的秘密……本片改编自玛丽·斯图尔特的英国儿童文学小说，是米林宏昌离开吉卜力工作室后制作的第一部动画长片。
