在平安时代的故事中，右大臣藤原安麻吕府邸正在举行一场封鬼仪式，这是百鬼夜行的时候。安麻吕的女儿日美子以戎装登场，一箭射中了靶心，引起了全场的惊叹。她被人们称为“连鬼都不敢接近”的公主，让源博雅心生倾慕。然而，天空出现了异象，京都陷入了骚动，各种妖怪横行。平安京已经有四个人被杀害，民间出现了一个能够驱鬼的术士幻角。日美子也开始出现梦游的现象。为此，博雅代表右大臣去请安倍晴明商讨对策。与此同时，宫廷供奉的出云三神器之一草薙剑也发生了异动。天皇委托晴明和博雅开始调查这一系列异象背后出云与大和之间的秘密。博雅和会弹琵琶的神秘少年须佐成为了好友，须佐在受伤后被日美子所救，三人在右大臣府邸相遇。与此同时，右大臣主动找到晴明，坦诚地讲述了十八年前天空出现异象时，大和攻打出云的真相......这部电影是《阴阳师》的续集。