突袭世界的大灾害“第二次打击”之后，世界在废墟上进行了重建。碇真嗣，一个年仅14岁的少年，被他的父亲碇元渡召唤到第3新东京市。然而，他原以为会见到父亲的欢迎，却意外地目睹了名为“使徒”的巨大生物与军队的激烈交火。在危急关头，特工机构NERV的葛成美里救了真嗣，并把他带到了碇元渡所领导的NERV总部。然而，真嗣却被父亲冷漠地命令驾驶名为“EVA”的巨型机器人与使徒战斗。起初，真嗣对此表示拒绝，但当他看到受伤的替补驾驶员绫波丽时，他决定顺从父亲的命令。于是，一个从未接受过作战训练的少年，准备驾驶初号机EVA迎战使徒。世界的命运竟然寄托在一个年仅14岁的少年身上，而“第二次打击”所暗藏的“人类补完计划”似乎也开始行动了。碇元渡掌控着所有的答案，但他只是冷静地观察着，仿佛一切早已写入剧本之中。
