《沉默的守望》改编自著名日本作家远藤周作的同名小说。故事发生在德川幕府时代禁教令下的长崎周边的一个小村庄。一个葡萄牙耶稣会的教士偷渡到日本传教,并前往视察他的恩师因遭受酷刑而宣誓放弃信仰的事情。这个事件在当时的欧洲人眼中不仅仅是一个个人的困境,同时也是整个欧洲信仰和思想的耻辱和失败。在传教和寻访的过程中,他面临着信仰和反叛、圣洁和背叛、强权和卑微、受难和胆怯、坚贞和忍耐、挣扎和超越等种种困境。这些困境压迫着他对基督信仰进行更深入和更现实的思考。最终,他仿佛也经历了他的恩师所经历的心路历程,拥有了自己对信仰的理解和实践。