故事发生在东京八丈岛附近的海域，那里建造了一座名为“太平洋浮标”的海洋设施，该设施连接了全球各地的警方监控摄像头。为了与欧洲刑警组织建立联系，世界各国的IT工程师聚集在这里。与此同时，一项利用人脸识别系统的新技术测试也正在进行中。柯南和少年侦察团受邀来到八丈岛参观，并欣赏了海豚表演。这时，柯南接到了冲矢昂（赤井秀一）的电话，称欧洲刑警组织的成员在德国被琴酒杀害。为了调查真相，柯南偷偷混进了前往“太平洋浮标”的警备艇，与黑田兵卫等警视厅人员一同进入了设施内部。在准备启动系统的过程中，发生了一起案件。一名女性工程师遭到黑衣组织绑架，她手中携带着一枚存有重要情报的U盘，也落入了黑衣组织的手中。海面上传来令人毛骨悚然的螺旋桨声。与此同时，灰原哀身边的某个黑影正在悄悄接近……
