正德十六年，武宗驾崩，朱厚熜继位，改元嘉靖。李言闻被封为太医院吏目。李言闻的好友吴药师因为误治小郡主的病，被关进牢里。吴药师临终前，将女儿吴斯语许配给了李时珍。成长后，李时珍进入阳明书院学习，成为荆王府世子朱成翊的同学。朱成翊希望能收买李时珍为自己所用，但遭到了李时珍的坚决拒绝。于是，朱成翊和李时珍成为了死敌。李时珍偶然遇到了一个俏丽的少女朱苌葶，但他发现她的脉象异常，命不久矣。李时珍治疗了她多年的顽症，两人之间产生了爱意。后来，李时珍意外地发现这个少女竟然是荆王府的郡主。李时珍希望能够考取功名，得到一份官职，与苌葶也有可能有个美好的未来。朱成翊得知李时珍要赶考，便贿赂了主考官。李时珍被主考官诬陷作弊，被赶出考场。李时珍心生怨恨，病倒在床。苌葶暗中派人送信给李时珍，希望能私奔，但却没有得到回应，令她十分失望，病情也加重了。荆王急忙下令让李言闻为苌葶看病，但李时珍却命悬一线，李言闻不能离开。危急时刻，斯语站出来，坦白自己的药膳对治疗苌葶至关重要，她决定冒生命危险，进入荆王府救治苌葶。朱成翊请求斯语留在自己身边，享受荣华富贵，但被斯语拒绝了。李时珍最终和斯语结婚，并跟随父亲正式开始行医。经过几轮考试，李时珍终于进入了太医院。此时，苌葶拜羽士陶仲文为师，沉迷于炼丹食丹无法自拔；蓝行义和已成为杨妃的杨雪英勾结，在后宫闹事；朱成翊来到京城，与严世蕃勾结，贪图淫欲；景王和裕王争夺太子之位，严嵩和徐阶两派势力斗争激烈。李时珍卷入了这场政治斗争的漩涡中。李时珍发现苌葶体内有铅中毒的迹象，劝她停止服用丹药，但苌葶不听，两人产生了激烈的争执。李时珍向嘉靖进言，请求皇上停止服用丹药，但嘉靖大怒，拒绝了他修订本草的提议。嘉靖吃了苌葶进献的永生不老丹药后，突然病重昏倒。严嵩父子趁机把责任推到了李时珍身上，将他下狱。郡主查明真相后得知，其实是朱成翊和严世蕃买来的假鹿茸引起的。严世蕃将朱成翊推到前面，成为替罪羊。嘉靖将朱成翊斩首，荆王痛失爱子。李时珍终于进入太医院的禁地，寻找武宗之死的真正原因，他发现武宗之死竟然是一个巨大的阴谋，与嘉靖有关。李时珍想要为华南洗清冤屈的想法成为泡影。郡主积毒已久，最终去世。李时珍心灰意冷，决定离开。他将全部精力投入修订本草纲目，希望人们能够辨别真伪，不再受到假药的伤害。李时珍回到蕲州，跋山涉水，亲自试药，收集修订本草纲目的第一手资料。当年的倭寇小藤以商人的身份来拜师学医。李时珍觉得他老实可靠，便收留了他。小藤创作了《本草纲目》的书稿，但产生了贼心。他趁李时珍不备，偷走了书稿。斯语阻止了小藤，保住了书稿，但不幸被杀害。李时珍悲伤欲绝。万历十四年左右，李时珍完成了《本草纲目》的编写，王世贞同意为该书写序。万历接到了王世贞的上疏，下令让李时珍进京献书。然而，就在李时珍准备出发的时候，蕲州附近突然爆发了天花疫情，李时珍决定暂时不进京，而是前往疫区为百姓治病。在李时珍等人的努力下，天花得到了控制。然而，李时珍自己因过度劳累而病倒。临终之际，李时珍嘱托建元将《本草纲目》献给朝廷，为天下后人带来福祉。在幻觉中，李时珍仿佛看到《本草纲目》被献给皇帝的场景。三年后，李建元将《本草纲目》献给了神宗。神宗派使者将《本草纲目》送往日本、朝鲜等地，使中华文明造福世界。