掌控日本国度的未来御前集会上，众要员商议着以猎杀SPEC持有者为目标的“SIMPLEPLAN”，同时也提及了神秘的法蒂玛第三预言。数天后，政府成员突然在游艇上全员变成了木乃伊，案件交由当麻纱绫和濑文焚流负责调查。在调查途中，两人接到了志村美玲的求救电话，他们赶去救援时与濑文的前同僚兼前恋人青池里子意外相遇。当麻将美玲带回调查组，本应已经死去的阳太竟然从容现身。当麻无力地目睹美玲匆忙留下了“肯定要禁止法蒂玛第三预言”的信息后，被阳太带走了。在阳太的恶意驱使下，普通人类与SPEC持有者之间的矛盾日益加剧。身处两者之间，当麻对法蒂玛第三预言和人类未来的走向感到困惑。预言中的关键人物们如玛利亚、白衣教皇、手持火之剑的天使等纷纷出现，未来的降临是否能够被阻止呢？