根据历史真实事件改编而成的《重庆谍战》，讲述了抗日战斗期间，百姓党政府为了破译日军密码，邀请美国的密码破译专家雅德利加入自己的阵营，并开办了“黑室”密码破译基地的故事。1937年，抗日战斗全面发作，南京沦陷，百姓党政府迁往陪都重庆。但日本空军屡次轰炸重庆，中国军民死伤无数。重庆政府决定建立中国的密码情报机构。派遣特工秦骜去武汉掠夺人称“密码之父”的美国专家雅德利。在武汉，秦骜终于见到失散两年的未婚妻扈渝雯，后者已经成为武汉中共地下党员陆涯的妻子。秦骜的涌现，冲破了她这两年平静的生活。雅德利不肯去重庆办事。而武汉日军也不绝派人暗害雅德利。此时地下党员陆涯接到上级任务，让他协助重庆来的秦骜，将雅德利送往重庆。在履行任务的历程中，陆涯创造原来妻子渝雯竟然是百姓党特工。但陆涯仍保持顾全大局，解救秦骜、渝雯于危难之中，带着雅德利一起来到了重庆黑室。这个技巧机构在国共相助的大配景下建立，陆涯、秦骜、渝雯、雅德利等人都加入了黑室。黑室众人团结一心，在破译日军情报方面，屡有斩获。但平静的日子总是非常短暂，某日，黑室为了召开军事集会而接纳的最高级别的三A级密码本被雅德利偷走，在黑室大老板唐大铭的摆设下，陆涯衔命带人追捕“叛徒”雅德利。但其实，这是唐大铭为了查出黑室中长期隐匿的内奸“独臂暴徒”而实行的“垂纶举动”。陆涯的同事李克江等人系数被日本人杀害，陆涯孤身逃出。由于只有陆涯一人生还，因此被黑室认定就是内奸“独臂暴徒”。陆涯不能证明自己的清白，只能孤身流亡。秦骜衔命紧紧追捕陆涯。陆涯陷入危难，渝雯突然涌现，以秦骜的生命相要挟，赞助陆涯逃脱。秦骜对陆涯的越发恼恨，立誓肯定要亲手捉住陆涯。陆涯和渝雯配合磨难，二人重归于好。陆涯和渝雯联手，设计找出和“独臂暴徒”保持单线接洽的日本特工“四姐”。在寻找线索的历程中，陆涯意外创造唐大铭居然和四姐过从甚密。此时，黑室秘藏的三A级密码本再度丧失，黑室陷入一片杂乱。秦骜也创造唐大铭的行动有颇多疑点。于是秦骜主动和陆涯示好，二人互通消息，创造疑点都指向唐大铭。正当两人欲联手拿住唐大铭把柄之时，唐大铭突然遭遇暗害。同一时刻，陆涯从日本人手中抢回了真正的密码本。听闻唐大铭已死，陆涯对秦骜产生了猜疑。此时一直以来被认为已经就义的李克江突然涌现。他行踪诡秘，越发使局面扑朔迷离。其实，真正的独臂暴徒是秦骜。李克江死里逃生返来，突然现身，在弘大的精力刺激下，秦骜向李克江认可了一切事实，并表明弃暗投明的决心，李克江信任了秦骜，为了让秦骜能够挣脱猜疑，日后可以对国度做更多有益的事情。李克江替秦骜顶下了内奸的骂名，并被秦骜亲手杀死。虽然李克江作为“独臂暴徒”死去，但仔细的陆涯照旧创造了秦骜的种种可疑迹象，仍旧猜疑秦骜才是真正的独臂暴徒。但陆涯苦于无法找到证据。这时渝雯突然产生车祸，脑部受到重击，失去了所有和陆涯的记忆，只记得自己曾是秦骜的未婚妻，并重新投入秦骜的度量。陆涯陷入苦楚之中。但其实这是渝雯的一个计策，她用自己来实行“美人计”，她成为秦骜的妻子，在旦夕相处的情况下艰巨寻找着证据。历尽艰险，渝雯终于找到了确实的证据。但紧接着，她差点被秦骜身边安插的日本人奸细杀害，千钧一发之际，秦骜