14年前，初号机似乎进化成了第一形态的觉悟，给世界带来了前所未有的巨大变化。在那之后，葛城美里等NERV的旧成员离开了组织，创建了一个名为Wille的抵抗组织，他们的目标是对抗Seele和NERV。Wille授权明日香和真里去夺回被封印在卫星轨道上的初号机和碇真嗣，但真嗣被绝对禁止登上初号机。然而，真嗣感受到了周围的敌意，他追随着绫波丽登上了突然入侵的九号机，返回了遭受重创的NERV总部。在那里，他意外地与一直想念的绫波重逢，并从他父亲那里得知自己将与美少年渚薰一起驾驶十三号机。经历了长达14年的空白，真嗣感到困惑不解，因为这期间发生了巨大的变化和情感纠葛。而温柔的渚薰揭示给他一些难以置信的真相...... 这部电影是《新世纪福音战士》四部曲的第三部。
