上世纪50年代，中国正处于核产业计划的关键时期。一列神秘的火车被派往首都北京和西北核基地之间，负责运送核专家和执行一系列机密任务。龙飞是北京市公安特勤所的所长，他被选为护送核专家的负责人。他遇到了美丽的女乘务员辛红羽，对她一见钟情。然而，火车上的四位核专家的任务非常重要，龙飞必须尽职尽责。在列车上，龙飞发现并逮捕了犯法嫌疑人，该嫌疑人试图破坏运送核专家的任务。就在突审嫌疑人的时候，列车突然遇到了铁轨上的一个包裹。龙飞带人赶去处理，但意外的是，列车突然爆炸，导致四位核专家丧生。在调查案件的过程中，龙飞遇到了核科学家杨佑亭的女助手谢宝音。另一方面，龙飞的朋友要给他介绍女朋友杜明明，但杜明明却与他的同事肖克开始了恋爱关系。在铁轨上发现的包裹被证实是被肢解的人体，一系列碎尸案件频繁发生，使火车爆炸案的侦破变得复杂。最终，碎尸案的真凶浮出水面，凶手尹大龙极其残忍狡猾。他精心策划，劫持了核专家杨佑亭。经过一番侦破，龙飞和肖克发现了幕后指使者——梅花组织的上级特务周明天。龙飞决定深入梅花党组织，以打入内部。然而，杜明明也深陷于周明天和肖克的“三角恋爱”之中。杜明明最终在体育馆被谋杀。被劫持的核专家杨佑亭被发现是一个冒充者，有人试图进入核基地。周明天被证实不是爆炸案的幕后策划者，背后还有其他人。周明天被推下山崖，梅花党组织的一些成员被逮捕归案。然而，表面上平静的生活下隐藏着更大的罪恶和真相。谢宝音企图害龙飞，并杀死了辛红羽，还想杀死杨教授，最终自杀。龙飞从一系列事件中察觉到敌人的存在，原来真正的敌人是梅花党组织的更高层头目，长期隐藏在公安组织内部。《机密列车》延续了张宝瑞小说系列一贯的惊险悬疑风格。在紧凑的故事情节中，展现了敌我之间错综复杂、正邪难辨、明暗交错的斗争，营造了紧张刺激的心理氛围。人物之间的关系也错综复杂：情侣？敌人？知己？对手？正是在他们针锋相对的斗争中，故事逐步升温。王雅捷在剧中扮演的角色成为剧情的一个亮点，她的身份曝光带来了更惊人的机密，为人物和情节的发展起到推动作用。该剧已经在山西榆次完成拍摄，并计划在敦煌、嘉峪关等地取景拍摄。