工藤新一是全国知名的高中生侦探，在一次追查黑衣人犯罪团伙的行动中，意外遭到团伙成员的袭击，被击晕并被迫服下了一种神奇的药水。结果，工藤新一竟然变回了一个小孩子！为了保护自己并继续追查犯罪团伙，新一找到了一位经常赞助他的科学家阿笠博士，博士为他研发了一系列间谍武器。为了避免犯罪团伙的追捕，新一决定改名换姓，暗中展开行动，希望能够找到解药。某天，新一的女友毛利兰来到了阿笠博士的实验室，寻找新一的下落，被小兰撞见的新一情急之下编造了自己的新身份，自称江户川柯南，随后柯南暂时寄居在了小兰家。毛利小五郎，小兰的父亲，是一名著名的侦探，新一可以借助他的力量，一起展开调查，追查黑衣人的下落。柯南在小学期间结识了步美等小学生，他们组成了一个少年侦探团，誓要向罪犯宣战！
