自2002年X档案的六年后，前联邦探员丹娜·斯科莉（吉莲·安德森GillianAnderson饰）调任某教会医院担任医师，福克斯·穆德（大卫·杜楚尼DavidDuchovny饰）则过着隐居的生活，依然对超自然现象保持关注。某天，FBI探员前来请求他们的帮助。原来一段时间内，维吉尼亚州接连有数名女子神秘失踪，其中甚至包括一名联邦探员。由于神父约瑟夫（BillyConnolly饰）声称看到了犯罪画面，因此FBI希望对超自然案件有丰富经验的穆德和斯科莉协助调查。然而随着调查的深入，穆德和斯科莉却发现案件的背后远远超出他们的想象。这对多年合作的伙伴面临着巨大的考验……本片为同名美剧的第二部剧场版。