故事发生在2029年，当时X战警已经解散，只剩下金刚狼罗根和卡利班照顾年迈的X教授。由于年老衰弱，X教授无法控制自己的超能力，如果不依靠药物，他的能力可能会失控，引发全球性的灾难。与此同时，金刚狼的自愈能力也随着时间的推移逐渐减弱，他的体力和力量也不如从前。某天，一个陌生女子找到金刚狼，将一个名叫劳拉的女孩托付给他，并要求他将劳拉送往加拿大的"伊甸园"。金刚狼惊讶地发现，劳拉竟然是一个被植入了他基因的人造变种人。而在传说中的伊甸园，还有一群和劳拉类似遭遇的孩子。邪恶的唐纳德紧追不舍地追踪着金刚狼一行人的踪迹，他的目标就是彻底消灭那群人造变种人。金刚狼必须保护劳拉和其他孩子，同时也要面对自己日益衰弱的身体状况。他必须发挥出最后的力量，与唐纳德展开一场生死较量，拯救自己和那群孩子的未来。
