曾经，一个高度发达的先进种族Ancient以地球为基地，几百万年前，不知什么原因，他们离开地球去了某地，在南极只留下一个前哨站。在JackO'Neill将军用前哨站的一种Ancient武器消灭前来打击地区的Goa'uld人的舰队之后，各国相助建立了南极联盟，为研究前哨站里的Ancient科技、增进国际合作与和平而共同努力。在研究过程中，他们创造了Ancient离开地球后所去的地方——飞马座星系。于是，为了挖掘被埋没的历史、探索未知的世界，各国组建了亚特兰蒂斯探险团队，通过星际之门到达了几百万年前从地球飞走的亚特兰蒂斯城。但不幸的是，地球人的到来惊醒了一群统治飞马座星系的怪物——Wraith，他们技术先进、体格强壮，性格粗暴残忍，不讲信义，并且以人类为食，吸取人类的生命。一万年前，他们打败了Ancient并迫使其逃回地球，而探险队也发现了一个惊人的事实：Wraith是Ancient实验的产物！为了抵抗壮大的Wraith，亚特兰蒂斯的小分队不得不探索飞马座星系的各个星球，与飞马的原住民接触，试图找到抵抗Wraith的方法，经历了一次次危险的旅程。【PS】《星际之门：亚特兰蒂斯》（英文StargateAtlantis，简称SGA）是作为StargateSG-1的一个衍生剧集开始的。SG-1本筹划连续它的第7季和第二个故事片，但是当SG-1的第8季时，预定的电影成为了2集的季末终结篇"LostCity"，StargateAtlantis的设定也被移到了飞马星系。这样就可以让这两个节目在同一个虚构宇宙中并存，之后这两个节目甚至开始相互连接，基本上实现了观众同时观看两个节目的愿望。这个节目是由大多数的SG-1原班人马在同一个摄影棚里制作的。Atlantis于2004年7月16日在（美国）Sci-Fi（科幻）频道首次上演，由JoeFlanigan和TorriHigginson主演，RainbowSunFrancks、DavidHewlett和RachelLuttrell为配角。Hewlett与Higginson先前在SG-1中有角色。在Atlantis的第二季中，PaulMcGillion和JasonMomoa（取代Francks）加入了老演员的行列。该剧集已在第五季完结。