进入了明治时代，前刽子手拔刀斋的绯村剑心（佐藤健饰）已经习惯了在神谷道场过着平静的生活。然而，就在某一天，他的旧友大久保利通（宫泽和史饰），号称维新三杰之一的人物，找到了他并请求他的帮助。原来，继承了剑心刽子手身份的志志雄真实（藤原龙也饰）在过去被新政府背叛，但幸运地活了下来，现在他正在密谋一个可怕的计划，希望能够称霸整个日本。大久保死后，剑心感到自己肩负着无法推卸的责任，于是他独自上路。在旅途中，他不仅偶遇了京都女忍者卷町操（土屋太凤饰），还与志志雄在新月村有了第一次的决战。与此同时，相乐左之助（青木崇高饰）、神谷薫（武井咲饰）、明神弥彦（大八木凯斗饰）、斋藤一（江口洋介饰）也相继赶往京都。在这个充满阴云的时代，一场席卷全国的风暴正在酝酿中……本片是根据和月伸宏的经典漫画原作改编而成。
