白莲教信徒接受了满清大臣纳兰元述（甄子丹）下达的虚伪命令，他们在广州的街头以“扶清灭洋”的口号为借口，肆意骚扰洋人的使馆和教堂，甚至连小学生也没有放过。这种行为让黄飞鸿（李连杰）、十三姨（关之琳）和梁宽（莫少聪）感到非常气愤。在一次医学集会上，黄飞鸿与革命党领袖孙文（张铁林）相遇，二人立刻建立了深厚的友谊。黄飞鸿看到革命党人对于拯救国家有着更远见的想法，于是决定资助他们逃脱困境。接着，他冲向白莲教总坛，与决胜九宫真人展开激烈战斗，揭开了迷信的幕后真相。黄飞鸿因为对国家命运衰败和人民智慧不开放感到愤慨，毫不犹豫地与纳兰元述展开了决一死战。