在与灭霸史诗般的战斗结束后，地球似乎暂时恢复了宁静。皮特（汤姆·赫兰德饰）重新回到了校园生活中，与挚友们相聚欢乐，还与心仪的女孩米歇尔（赞达亚饰）逐渐加深了感情。然而，他内心深处对钢铁侠的追思和怀念依然无法抹去。正当皮特准备在前往欧洲的游学之旅中向米歇尔表白时，突然出现了一连串的元素怪兽，打乱了他的计划。在这个过程中，一位神秘客（杰克·吉伦哈尔饰）出现并与神盾局合作，成功击退了怪兽。皮特感到自己无法胜任这个重任，因此拒绝了尼克·弗瑞（塞缪尔·杰克逊饰）的请求，宁愿将钢铁侠的继承者之位交给了神秘客。然而，皮特万万没有想到的是，更加可怕的危机接连而来……
