本作的主人公是冈部伦太郎,他是一个大学生,有着严重的中二病。他自称为“凤凰院凶真”,并与一些伙伴一起组成了一个叫做“未来创造研究所”的团队。他们在秋叶原的一个简陋实验室里进行各种奇怪的创造和调查。故事发生在2010年7月28日,冈部和他的青梅竹马真由理一起去参加一个科学讲座。在那里,他们遇到了一个天才少女牧濑红莉栖。然而,让人意想不到的事情发生了。冈部在会场的走廊里听到了一声惨叫,他赶过去后发现牧濑倒在了血泊中。冈部立刻用手机短信告诉了他的好友桥田,这个举动让世界发生了翻天覆地的变化。原来,实验室里的所谓“未来道具”竟然能够改变世界的历史进程,从此以后,冈部成为了一个独立的调查者。所有这一切都是因为命运石之门的选择。