《花千骨：千年之约》故事开始时，花千骨的六神无主，灰飞烟灭。为了保护花千骨，白子画毅然决定以自己的生命为代价，用自己的命来延续花千骨的生命。他为了确保花千骨在苏醒后不会放弃他为她挽回的生命，与她订下了千年之约。然而，令人意想不到的是，苏醒后的花千骨无法等待千年，她不惜使用禁术，并借助神器的力量，决定前往过去与白子画履行他们的千年之约。千年之后的花千骨失去了自己的思想和意识，她只认为自己是一个普通的女孩。然而，在她周围聚集了一群拥有神奇能力的怪咖，包括魔君杀阡陌、长留大门生落十一、复仇者霓漫天等等。他们将一起展开一场寻找神器和寻找自己的奇妙旅程。