该剧讲述了在琅琊阁学艺的萧平旌视察其兄长林军副帅萧平章一案而卷入大梁安危的故事。大梁朝局虽然稳固，但边境战火不断。长林军作为守护大梁北境的重要力量，屡次立下军功，声名远扬。然而，在一次北境交战中，内阁首辅荀白水却暗中中断了前线的补给，导致长林军副帅萧平章（黄晓明饰）身受重伤。得知消息的在琅琊阁学艺的弟弟萧平旌（刘昊然饰）决定下山查案。原来，三十年前，邻国夜秦遭遇疫情，大梁为了自保封国，而濮阳缨（郭京飞饰）因灭国之仇暗中伺机埋伏在大梁，并勾结琅琊榜第一妙手东海国主墨淄侯，暗中瓦解梁帝的权势以及长林府的势力。两人在京城四处投毒，导致疫情迅速蔓延。濮阳缨还设下局，使得萧平旌和萧平章先后中毒。此时北境正处于危险之中，萧平章放弃了自己的救治，奔赴前线支援，却在毒发后不幸去世。一年后，梁帝驾崩，大渝入侵大梁，荀白水与莱阳王萧元启（吴昊宸饰）勾结，诱哄年幼的梁帝颁布旨意，禁止疆域兴兵。萧平旌顶着禁令出征，成功击溃了大渝军队，但长林军的体制也因此被破除。萧元启与墨淄侯暗中串通，企图卖国谋逆。萧平旌在危急时刻起兵勤王，奔赴沙场，以保护梁帝的安全。
