《通天长老》是一部剧情丰富、动作激烈的电影。故事发生在清嘉庆年间,地处西南疆域的青龙、白虎两寨世代为仇,械斗不止。最终青龙寨打败了白虎寨并杀死了寨主,俘虏了身怀六甲的夫人林桃儿。
按照青龙寨的规定,应该将林桃儿的遗腹子取出下油锅,以斩草除根。然而,在危急关头,真佛寺的通天长老出现了,骑着毛驴飘然而至。青龙寨的大寨主罗思举见状,不禁拍案而起,但他的二寨主牛成和三寨主罗三却被长老的高超武功镇慑住,无法动弹。于是,白虎寨的寨民赵老二和王满等人将林桃儿劫出刑场。
林桃儿在逃亡中早产,婴儿徐仇呱呱坠地,而她自己却死于林莽之中。通天长老受白虎寨旧人之托,将婴儿取名徐仇,带回真佛寺扶养。青龙寨的罗思举不甘心,找来雪山剑侠格勒保,意图夺取遗腹子徐仇。格勒保与长老有杀父之仇,仗着上乘武功,想要代替长老将其置于死地。然而,长老将他击倒在地。格勒保深感愧疚,于是砍下左臂,立誓18年后再见分晓。
时间飞逝,罗令郎罗剑追随着格勒保走遍大江南北,寻师习武,学得一手好剑法。而徐仇在真佛寺却不肯习武,反而天天吃素念经,以阻止当墨誊录经节。白虎寨的寨民大失所望,青龙寨却喜气洋洋,设宴招待炒剑公回来。然而,在宴席上,白虎寨的二寨主佟春生蒙面刺杀罗剑,没有乐成,更增加了白虎寨对第二天交锋的担忧。
第二天,交锋场上人头攒动,十儿面大鼓震动地。罗思举、格勒保等人迟疑满志步入会场。长老身披法衣入场,双方虽然一占未发,但氛围却紧张得令人透不过气来。当罗剑、徐仇上场时,出人意料的事情发生了。原来,罗剑与徐仇在婴儿时就被长老以偷换计划替换。身怀武艺的“罗剑”角逐时成了徐仇,决意报杀父之仇。而“徐仇”则成了罗剑,他从小不肯加入尘寰是非。
最后,罗思举领悟了长老一片苦心,以自杀换得第二个寨子的和妤。格勒保怒气难平,拔剑直扑通天长老。通天长老一手未还,死在他的掌下。而他也被白虎寨的二寨主佟春生等人杀死。长老以生命换来了两寨的永世和好。
青龙寨大寨主罗思举最终自杀是因为羞愧难当,加上无法面对亲生儿子和养子,或者还有想以自杀来化解2个寨子的世代恩仇?