八国联军攻入京城，朝廷陷入混乱，全国局势一片凌乱。黄飞鸿（赵文卓饰）带着父亲黄麒英（刘询饰）、十四姨（王静莹饰）、徒弟梁宽（莫少聪饰）和鬼脚七（熊欣欣饰）一同逃往番禹，希望与十三姨（关之琳饰）、猪肉荣（郑则仕饰）和牙擦苏（郭晋安饰）会合。在路上，黄飞鸿一行人担心海盗会抢夺他们的粮食，误会了路过的南粤米仓的人。双方不打不相识，但黄飞鸿帮助他们将盗米贼送到衙门，才发现盗米贼竟然是差役领班谢四（张铁林饰）指使的。原来，南海海盗趁着混乱的局势频繁活动，番禹一带已经没有官员来统治，差役们只能通过偷盗来维持生计。黄飞鸿对谢四等人的忠诚感到感激，决定放弃原本计划前往香港的打算。他与当地的海盗单眼英、张玉麟、张保仔等展开一系列搏斗，共同保卫番禹的安宁。这部电影是徐克执导的黄飞鸿系列的第五部作品。