《六指琴魔》是一部新派武侠剧,以古装为背景,讲述了江湖上的正邪斗争,以及人性的善恶、正义的受人敬佩。江湖充满了豪情壮志的男女,他们有着侠义的骨子,但在情感方面,也难免有着爱恨交织、扑朔迷离的一面。
剧中,吕伦(吴启华饰)巧遇青花和烈火祖师的决斗,出手相助青花击败了烈火祖师,从而结识了青花的女儿谭月华(蓝洁瑛饰)。后来,机缘巧合下,伦拜玉面神君东方白(石修饰)为师。白与华的父亲谭升得闻武功秘笈八龙吟、琴谱重现江湖,于是四处追查,欲找出琴主称霸武林的真相。
另一方面,六指琴魔(关海山饰)发现伦根骨奇佳,欲收其为徒,用计将伦擄上仙人峰,白及升联手将伦救出。伦重获自由后,遇上鬼奴,两人成为知己,但同时也爱上了华,而华早已对白暗生爱慕之意。
琴魔与升大战,受伤逃命,伦误听琴魔谎言,出手相救而种下了一连串武林惨剧。剧中夹杂着伦与端木红(邓萃雯饰)的爱情抵触,以及华的兄长谭奕飞(吴镇宇饰)与邪门中人韩玉霞(周秀兰饰)的扑朔戀情。而在华与白大婚之日,琴魔以琴音令伦、华陷入混乱,发生了关系。白、伦、华从此陷入了一段纠缠不清的孽情。剧情发展,更加复杂奇情。