《血色湘西》是一部讲述抗日战争时期湖南战场的电视剧。故事发生在1939年，抗日战斗进入相持阶段，湖南成为抗日战斗的前线。中共党员童莲扮演湖南省抗战救亡慈善总会的工作人员，背负着一个特别任务，即运送抗战物资的地下机密运输线。在湘西雪峰山下的麻溪铺镇，田大有和他的女儿穗穗过着平静的山民生活。
在端午节的龙舟比赛中，穗穗与青年石三怒一见钟情。然而，石三怒是排帮首领麻大拐子的义子，与田大有有着世代的仇恨。童莲护送抗战物资经过麻溪铺时遭到排帮抢劫，幸得田大有相救。麻大拐子认出田大有是杀死他义兄的仇人，派出石三怒中途劫杀田大有，从而引发了一段错综复杂的恩怨情仇。
童莲争取到了竿民对护送抗战物资的支持，但排帮因世代恩怨不肯放行。穗穗被迫代表竿民与排帮进行生死赌斗，关键时刻，穗穗上场取代受伤的父亲，石三怒不忍下手，排帮输掉比赛。然而，卖力运送物资的商人汪兆丰与龙太爷勾结，利用这个机会走私大烟。
为了和穗穗在一起，石三怒离开了排帮，麻大拐子因此更加恼怒田家。在石三怒和穗穗结婚的那天，他得知抗战物资中夹带了走私的大烟，率排帮抢劫，结果田大有被击毙。得知义父被杀，石三怒带领排帮攻打竿子营，田大有自尽，穗穗的婚礼变成了家破人亡的悲剧。
童莲带着穗穗离开竿子营，前往长沙。在路上，穗穗第一次目睹了抗战的狼烟，深深震撼了她的心。在童莲的安排下，她加入了抗战训练班，学习医护，投身抗战。在救护百姓党新八十六师受伤官兵时，穗穗巧遇了龙耀文，原来他加入了这支部队。
在抗战的过程中，穗穗和龙耀文的感情也在不断发展。常德守卫战打响，新八十六师承担了最艰巨的阻击任务。在童莲和穗穗的努力下，全师官兵的爱国热情被唤醒，师长锁云超和龙耀文带领官兵英勇作战。
然而，在战斗最关键的时刻，一心为排帮扩充实力的石三怒来到常德，偷走了新八十六师的军火，导致新八十六师遭受重大损失，穗穗和石三怒因此彻底决裂。
中美联合空军决定在麻溪铺设立机密雷达站，新八十六师残部被派去守卫。穗穗和童莲回到湘西，克服了重重困难，打破了竿民的传统观念，最终赢得了竿民对抗战的支持，雷达站顺利建成。
日军为了摧毁雷达站，夺回制空权，于1945年4月向湘西发动大规模进攻，中日雪峰山大会战开始。实力薄弱的新八十六师被派往前线，阻击优势的日军，但由于人数不足，全军覆灭。
日军占领了麻溪铺镇，威胁龙太爷和全镇居民寻找雷达站。龙太爷宁死不屈，选择跳下天坑自杀。为了保卫雷达站，童莲用自己的行动号召起了九弓十七寨的竿民，穗穗也找到石三怒，发动排帮参战。
在茂密的森林中，他们用原始的武器和祖传的狩猎技巧与武装到牙齿的日军进行殊死搏斗。每一处草丛、每一棵树后，都有弓箭、苗刀、鸟铳、竹签和陷阱等待着日军。男人们举起鸟枪，妇女们装填火药，爷爷战死了，孙儿又捡起鸟铳，儿子战死了，母亲又捡起刀。
进攻竿子营的日军最终被全部歼灭，石三怒、龙耀文和日本侵略者把老百姓全部集中到了广场上。逼问我军雷达站的位置。看到侵略者如此张狂。清溪书院瞿先生无畏的站了出来
日本军官：你是读书人？
瞿先生：没错
日本军官：我也是
瞿先生：是吗？
日本军官：战斗以前我曾经是东京帝国大学东亚文学系的研究生。不知道先生是？
瞿先生：麻溪铺清溪书院教书先生
日本军官：原来是位令人尊敬的先生，那么雷达站的位置想必先生是知道的了？
瞿先生：没错
日本军官：先生想必也不打算告诉我？
瞿先生：晓得还问？
日本军官：那，这样好不好？既然我们都是一样的读书人。读书人的问题不妨用读书人的方式解决，所谓道理不辩不明，吾从有道而正焉嘛，如果先生输了，就把雷达站的确切位置告诉我怎么样？
瞿先生摇头
日本军官：先生不敢？
瞿先生：不是不敢，是不屑
日本军官：读书人之间辩经明理。以证大道，何以不屑？
瞿先生：不识仁爱忠恕，不懂礼义廉耻。何敢称读书人？手执屠刀，暴戾凶残，枉杀良善，又与禽兽何异？是以不屑。
日本军官：哈哈。。先生这话说得不对啊！
瞿先生：难道这满镇的无辜的鲜血。不曾是你的手染红？
日本军官：是！我记得老子曾经说过，佳兵者不祥之器，圣人不得已而用之。圣人也举起屠刀的时候,这要看他举起屠刀对准谁。举起屠刀干什么？虽然这是贵国先贤所言，但我大和民族有一个最大的优点就是擅取他人之所长，永远税意进取，决不自视高明，固步自封，不像有的民族，永远沾沾自喜于什么几千年文明，永远睡在往日天朝大国的旧梦里却不知天道昭昭，变者怛通，一个不思进取，腐朽守望旧的民族，早已被今日世界抛在潮流之后早已成了应该被淘汰的垃圾，我手上是沾满了鲜血，可我沾的是垃圾的血，我所做的是扫除废物，消灭落后，这是就兵者不祥之器圣人不得已而用之的道理，所以，教书先生，你们的雷达站只是蛮夷对抗王化的工具，是优秀扫除垃圾、先进消灭落后的障碍，是我大日本帝国平蛮攘夷必须搬倒的绊脚石，这样的绊脚石先生又有什么理由不帮我们把它扫除呢？
瞿先生不屑的笑
日本军官：先生笑什么？
瞿先生：笑歪嘴和尚念不了真经，笑桔过淮水而为枳
日本军官：先生这话怎么讲？
瞿先生：什么叫先进？什么叫优秀？什么叫平蛮攘夷？什么叫推行王化？我来告诉你吧！我泱泱中华，自古以礼义立邦，以德化服人，何曾暴虐欺人？何曾以强凌弱？你刚才讲过，你们日本曾在千年以前就向我中华来学习，因为我们比你们先进，比你们优秀，可那时候我们先进优秀之中华来扫除你们这些垃圾来消灭你们这些废物了吗？没有呀，我们以教化服之，以文明导之，不以你日本粗鄙落后愚昧无知而将其视为可欺可压任我宰割之犬羊，而是敞开国门大张教化，我之先进，我之优秀任尔学之，你日本蕞尔之邦蛮夷之地才得以有了文字，有了衣冠，才有了礼数，才学得了三分人样，这才是我中华推行的王化，再说说平蛮攘夷，是，我中华兴兵动武也在所难免，可那也是蛮夷跳梁先扰我疆土，一如今日，你们日本侵我家园，杀我同胞，我中华奋起抗争，这才是真正的平蛮攘夷，这才是真正的佳兵者不祥之器圣人不得已而用之的道理，你现在应该明白了吗？王化是什么？德化也，何为德？道义二字，可惜呀，可惜你们学不会，三分人样还没学出来，七分兽性却是根深蒂固。圣人之言怎么到了你们日本人的嘴里就变成烧杀抢掠野蛮凶残的遮羞布，铁蹄之下我中华大地已是尸横遍野，血流漂杵，以你们这般的烧杀抢掠无恶不作的禽兽，也配谈先进？也配谈优秀？也配谈平蛮攘夷？也配谈推行王化吗？不，你们根本就不配做人，（这时枪声响起瞿先生倒地）你们什么都不是。
